| CRISPR-gRNA文库筛选基因靶点服务
CRISPR-gRNA文库是高通量筛选靶基因的重要工具,可用于大规模或全基因组功能筛选,涉及信号通路、疾病、细胞药物应答、发育、基因调控等方面。海星生物在gRNA文库筛选方面拥有丰富的经验,能够帮助客户快速构建CRISPR KO(基因敲除)、CRISPRa(基因激活)文库、CRISPRi(基因抑制/沉默),也可以为客户提供全套的细胞功能筛选服务,涵括文库构建、病毒文库、细胞转染和筛选、NGS测序与数据分析服务。
| CRISPR文库及其在遗传筛选中的应用
肿瘤耐药相关基因筛选
肿瘤转移相关基因筛选
克隆形成相关基因筛选
细胞增殖相关基因筛选
细胞信号通路相关基因筛选
病毒/细菌宿主相关基因的筛选
| CRISPR文库遗传筛选的常规流程
| 服务类型介绍:
筛选类型 | 原理 | 靶向位置 | 应用 |
基因敲除 | 利用野生型Cas9或Cas9缺刻酶切割DNA。当细胞自身发生随机修复时,可以在靶位点引入随机突变。 | 通常是编码区域 | 主要用于编码基因的功能筛选 |
CRISPRa(基因激活) | 转录激活功能域(如VP64)融合无催化活性的Cas9(dCas9),用于激活靶位点调节基因表达。 | 通常是启动子区和其他非编码调控区 | 主要用于编码基因的功能获得筛选或非编码区域的调控功能筛选 |
CRISPRi(基因抑制/沉默) | 转录阻遏物(如KRAB)融合无催化活性的Cas9(dCas9),用于抑制靶位点调节基因表达。 | 通常是启动子区和其他非编码调控区 | 编码基因的功能缺失筛选或非编码区域的调控功能筛选 |
*海星生物提供现货供应,针对Human和Mouse全基因组范围的基因敲除(CRISPR KO)gRNA文库,实现全基因范围内功能基因的高通量快速筛选。
*海星生物还可以按照需求为客户设计合成靶向特定通路或者基因的gRNA订制文库。
应用案例文章:
《Nature Genetics》:A genome-wide CRISPR screen identifies a restricted set of HIV host dependency factors
美怀特海德研究所、拉根研究所和布罗德研究所的研究人员利用CRISPR-Cas9基因编辑技术找出三个有望用于治疗HIV感染的新靶标。
研究者利用CRISPR敲除筛选的策略,将影响HIV感染,同时又是细胞存活非必需的基因。一共找出5个基因,其中它三个在早前的利用RNA干扰(RNAi)的研究中并未被鉴定。
作者描述:我们的研究HIV感染的主要靶标,并找出在病毒对T细胞的感染中起着显著性作用的宿主基因。之前的研究已找出几种宿主依赖性因子,包括HIV侵入CD4阳性T细胞所需的两种蛋白:CD4分子、CCR5,被认为治愈HIV感染的一个人就是接受来自携带这种CCR5突变的供者的骨髓移植。2008年的三项利用RNAi鉴定潜在的宿主依赖性因子的研究鉴定出800多种可能的靶标;但是这些结果很少存在重叠,提示着存在较高的假阳性。原因是:RNAi抑制但不会完全阻断基因表达,这可能允许靶基因产生足够多的蛋白来允许HIV感染,而且它也能够抑制靶基因之外的其他基因表达,从而导致假阳性结果。利用CRISPR对源自HIV敏感性的CD4阳性T细胞的一种细胞系进行筛选,研究人员鉴定出5个基因:当让它们失活时,会让细胞免受HIV感染,同时不会影响细胞存活。
A pooled, genome-wide CRISPR screen for HIV HDFs. (a) Outline of the genome-wide CRISPR screen strategy. WT, wild type; KO, knockout. (b) Flow cytometry analysis (representative of five independent experiments) of cells infected with the HIV-1 strain JR-CSF and expressing GFP as a reporter of productive HIV infection. Where indicated, cells were transduced with sgCCR5 or an sgRNA that does not target protein-coding sequences
in the human genome (nontargeting control). (c) Flow cytometry analysis (representative of three independent experiments) quantifying CD4 and CCR5 expression on the surface of wild-type GXRCas9 cells and GXRCas9 cells that were transduced with the genome-wide sgRNA library and serially infected with HIV-1 strain JR-CSF. (d) Log2-transformed fold change in the abundance of the fifth most enriched sgRNA for every gene following HIV infection. See also supplementary Figure 1 and supplementary table 1. (e) Enrichment of individual sgRNAs for three candidate HDFs and two control genes. Values indicate log2-transformed fold change in abundance following HIV infection. Values for the uninfected group are from GXRCas9 cells that were transduced with the genome-wide sgRNA library and cultured for 3 weeks.
Cas9X 海星生物可以为病毒感染筛选相关的靶向基因提供:全基因组的gRNA病毒、细胞株的构建、验证细胞株的敲除等成熟的技术支撑。